Андрей Николаевич Карнов с января 2010 года руководит отделом по расследованию особо важных дел, следователи которого расследуют самые сложные и резонансные преступления коррупционного характера, против личности, в сфере налогообложения.
За время работы под руководством Карнова следователями данного отдела были завершены уголовные дела в отношении бывшего первого заместителя Председателя Правительства области Андреева, бывшего главного архитектора Рязани Харибутовой, бывшего руководства регионального УГИБДД и ряда других высокопоставленных должностных лиц. В тесном взаимодействии с правоохранительными органами были раскрыты и расследованы убийства семьи в поселке Искра, супружеской пары в Захаровском районе, ребенка в Кадомском районе и другие преступления, представляющие особую сложность, обусловленную совершением их в условиях неочевидности, длительностью периода, прошедшего с момента совершения убийства и до установления лиц, причастных к его совершению, а также предпринятыми злоумышленниками действиями по сокрытию следов преступления. В результате мер, принятых следователями по расследованию особо важных дел, в бюджет Российской Федерации возвращены десятки миллионов рублей, сокрытых недобросовестными налогоплательщиками.